Howard Carter wurde am 9. Mai 1874 in Kensington, London als jüngstes der elf Kinder von Samuel John Carter und Martha Joyce Sands geboren. Wegen seiner angegriffenen Gesundheit besuchte er keine Schule und wurde privat zu Hause unterrichtet. Sein Vater, ein bekannter Maler und Zeichner, lehrte ihn Malen und Zeichnen.
 
1891 schloß sich Carter dem Archaeological Survey of the Egypt Exploration Fund unter Percy Newberry an und reiste zum ersten Mal nach Ägypten. Er erhielt eine Ausbildung von Flinders Petrie, Francis Llewellyn Griffith und Edouard Naville. 1892 begleitete Carter Petrie zu dessen Ausgrabung bei Amarna, und zwischen 1892 und 1893 fertigte er Zeichnungen für die Vermessungen des Egypt Exploration Funds bei Beni Hassan und El Bersheh an. Zwischen 1893 und 1899 arbeitete Carter als Zeichner bei der Deir el-Bahari Expedition unter Naville, und gemeinsam mit anderen Künstlern kopierte er alle sichtbaren Szenen und Inschriften am Tempel der Hatschepsut; seine Zeichnungen wurden in sechs Bänden veröffentlicht.
 
Howard Carter wurde 1899 zum Chefinspektor für die Altertümer Oberägyptens im Altertümerdienst der ägyptischen Regierung ernannt und reorganisierte die Verwaltung des Dienstes unter Sir William Garstin und Sir Gaston Maspero Eine seiner ersten Leistungen als Chefinspektor war die Installation von Licht in den Gräbern der Könige und in Abu Simbel. 1902 begann Carter im Tal der Könige seine Arbeit mit der Aufsicht über die Ausgrabungen von Theodore Davis, und zwei Jahre später erhielt er das Inspektorat über Unterägypten. Als Chefinspektor von Unterägypten diente er nur ein Jahr, nach einem Zwischenfall mit einer Gruppe von pöbelnden Touristen in Sakkara, wurde nach Tanta im Norden versetzt. Bald danach trat Carter von seinem Amt zurück und entschied sich ganz dem Malen zu widmen, was seine Zeit von 1905 bis 1907 ausfüllte.

Howard 1907 lernte Carter Lord Carnarvon kennen und für die beiden Männer begann eine lang dauernde, vertraute und erfolgreiche Arbeitsgemeinschaft und Freundschaft. Zwischen 1907 und 1917 führten Carter und Carnarvon Ausgrabungen in Theben und einigen anderen Stätten im Delta durch: Bei Dra Abu el-Naga entdeckten sie Gräber aus der Zeit des Mittleren Reiches bis in die Ptolemäische Epoche; in Theben leiteten sie Ausgrabungen am Tempel der Hatschepsut in Deir el-Bahari und an einem Tempel von Ramses IV; im Delta gruben sie bei Sakha und Tell el-Balamun. Carter entdeckte das Grab von Amenophis I (Grab AN B in Dra Abu el-Naga); er grub auch ein unbenutztes Grab der Hatschepsut und das Grab von Amenophis III (KV 22) aus. Außerdem arbeitete Carter für Lord Carnarvon auf folgenden Gebieten: Er spürte Altertümer auf dem Antiquitätenmarkt für die Sammlung Carnarvons auf und erwarb sie. 1910 erbaute Carter mit finanzieller Unterstützung Lord Carnarvon ein neues Grabungshaus und ein neues Wohnhaus für sich selbst bei Elwat el-Diban am nördlichen Ende von Dra Abu el-Naga.

Zwischen 1917 und 1922 verbrachte Carter seine Zeit bei der Erforschung der Wadis von Westtheben, machte Notizen zu den Graffiti und der möglichen Lage verlorener Gräber und suchte nach dem Grab des Tutanchamun im Tal der Könige. Carters Suche endete nach sieben Jahren harter Arbeit am 4. November 1922. Die Entdeckung des Grabes mit nahezu all seinen original Grabbeigaben wurde die wichtigste archäologische Entdeckung des Jahrhunderts genannt, und Carter und seine Mannschaft benötigten zehn Jahre um es auszuräumen. Carter katalogisierte den Inhalt des Grabes akribisch, vermerkte die Lage der einzelnen Gegenstände ganz genau, veranlaßte die notwendigen Restaurationsarbeiten und den Transport der Objekte ins Museum nach Kairo.

Die Entdeckung weckte weltweites Medieninteresse. Zeitweise fiel es Carter schwer mit der Presse auszukommen, vor allem nach dem Tode Lord Carnarvons im Jahre 1923. Aber sein internationaler Ruhm brachte Carter auch Vorteile: Er erhielt die Ehrendoktorwürde der Universität von Yale, der einzige akademische Rang, den er jemals bekleidete und auf den er sehr stolz war. Carter war enttäuscht, daß er niemals in der Lage war, einen wirklich wissenschaftlichen Bericht über die Entdeckung zu veröffentlichen, sondern nur in Zusammenarbeit mit Arthur Mace und Percy White einen "populären" Bericht verfaßte.
 
Mit der Entdeckung des Grabes von Tutanchamun erfüllten sich die Träume von Howard Carter, und nachdem die Arbeit im Grab beendet war, folgte sein Leben einer festen Linie. Carter verbrachte die Jahre nach der Ausräumung des Grabes alleine in seinem Haus auf dem Westufer von Theben, und starb in seinem Londoner Heim am 2. März 1939 am Hodgkin Syndrom. Howard Carter wurde auf dem Friedhof von Putney Vale beigesetzt, seine Grabschrift lautet: "Archäologe und Ägyptologe".