Im Alter von 42 Jahren kam Edwards Kairo an, sie war beauftragt ein Buch über das Reisen auf dem Nil zu schreiben. Ihr berühmtes Buch, A Thousand Miles Up the Nile, war das Ergebnis einer Fahrt, von der sie voller Bestürzung über den schlechten Zustand der ägyptischen Monumente zurückkehren sollte. Ihre Sorge veranlaßte sie, eine Organisation ins Leben zu rufen, die sich der Dokumentation und Erhaltung der Monumente der ägyptischen Vergangenheit widmete: Der Egypt Exploration Fund (später die Egyptian Exploration Society) wurde 1882 gegründet, mit Edwards selbst als erster Geschäftsführerin. Sie gab die Schriftstellerei auf und widmete sich ganz der Stiftung. Sie verfaßte viele Beiträge in Zeitschriften, studierte Hieroglyphen und beschaffte Gelder. 1889-1890 reiste sie nach Amerika für eine Vortragsreise, die Amerikas Interesse und die Unterstützung für den Egypt Exploration Fund weckte. Diese Vorträge wurden später (1891) unter dem Titel Pharaohs, Fellahs, and Explorers veröffentlicht.

Während ihrer Reise nach Amerika brach sich Amelia Edwards den Arm, führte aber ihre Tournee fort, ihr Gesundheitszustand verschlechterte sich und am 15. April 1892 starb sie in England an der Grippe. Sie hat dem University College von London eine große Summe Geldes vermacht, um einen Lehrstuhl für ägyptische Archäologie und Philologie einzurichten, und sie hatte W.M.F. Petrie gebeten, das Dekanat des ägyptologischen Fachbereichs zu übernehmen, dem ersten an einer britischen Universität.

Amelia Edwards war niemals verheiratet und galt als schwierige Frau. Sie war äußerst unabhängig und hatte wenige enge Freunde, aber ihr Beitrag zur Ägyptologie ist von unschätzbarem Wert. Amelia Edwards widmete sich mit ganzem Herzen der Förderung eines Bewußtseins für die Großartigkeiten Ägyptens. Deren Rettung war ihr Lebenswerk.