Sir John Gardner Wilkinson gilt als der Gründer der britischen Ägyptologie. Er wurde am 5. Oktober 1797 in Little Missenden, Bucks, geboren, als Sohn des Geistlichen John Wilkinson und Mary Anne Gardner. Wilkinson wurde in Harrow erzogen und trat 1816 in das Exeter College in Oxford ein. Er verließ Oxford 1818 vor Erlangung eines Abschlusses und ging zur Armee. 1820 traf Wilkinson Sir William Gell in Italien und Gell überzeugte ihn, die Armee zu verlassen und sich auf das Studium der Archäologie zu konzentrieren.
 
1821 kam Wilkinson zum ersten Mal nach Ägypten. Um 1824 und erneut 1827-28 leitete er Ausgrabungen in Theben, vorwiegend in den Königsgräbern und 1826 baute er sich ein Haus in Gourna. Wilkinson war der erste Ägyptologe, der umfassende Studien der Gräber im Tal der Könige betrieb. Er wanderte mit einem Pinsel und brauner Ölfarbe durch die thebanische Nekropole und numerierte die 21 offenen Gräber im Tal der Könige, die vier Gräber im Westtal und eine große Anzahl der Noblengräber. Das von Wilkinson eingeführte Numerierungssystem ist noch heute bei Ägyptologen gebräuchlich. Außerdem erstellte er eine Chronologie der Dynastien des Neuen Reiches in Theben und legte anhand der hieroglyphischen Inschriften eine Datierung für die Königsgräber im Tal der Könige fest.
 
Wilkinson kehrte 1833 nach England zurück, wurde 1839 geadelt und bekam von der Oxford University 1852 den Titel eines DCL (Doctor of Civil Law = Doktor des Zivilrechts) verliehen. Zwischen 1841 und 1849 kehrte er zuerst nach Ägypten zurück, um das Wadi Natrun zu besichtigen, und er bereiste Montenegro, Herzegovina und Bosnien. Alle seine Berichte wurden veröffentlicht. Den Winter 1849-50 verbrachte Wilkinson in Italien, um den Turiner Königskanon zu studieren, von dem er eine neue Übersetzung veröffentlichte. Zum letzten Mal reiste er 1855-56 nach Ägypten und heiratete 1856 Caroline Catherine Lucas, eine Schauspielerin und Botanikerin.
 
Sir John Gardner Wilkinson leistete viele wichtige Beiträge zur Ägyptologie. Er veröffentlichte die erste, komplette Beschreibung der archäologischen und geschichtlichen Hauptsehenswürdigkeiten in Ägypten und Nubien und den ersten umfassenden Plan vom antiken Theben. Auch zeichnete er die Grabmalereien von Beni Hassan bis ins Detail ab und arbeitete in el-Amarna und im Labyrinth von Hawara. Wilkinson sammelte Artenmuster aus allen Bereichen der Natur und veröffentlichte Artikel in geologischen und zoologischen Zeitschriften. Dem British Museum schenkte er Antiquitäten und zwei große Sammlungen von Papyri und er vermachte seine persönliche Sammlung klassischer und ägyptischer Antiquitäten der Harrow School.
 
Eine seiner bedeutendsten Veröffentlichungen war sein fünfbändiges Werk The Manners & Customs of the Ancient Egyptians. Sir John Gardner Wilkinson starb am 29. Oktober 1875 in Llandovery in Wales.