Sethos II war der älteste Sohn von Merenptah und führte als Kronprinz den Namen Sethos-Merenptah. Unter der Regierung seines Vaters war er Kommandant der Armee. Obgleich designierter Nachfolger, wurde seine Regentschaft von Amenmesse entweder angefochten oder usurpiert, dessen drei- bis vierjährige Herrschaft vor oder zeitgleich mit der von Sethos II war. Aufgrund von Texten, die sowohl das Datum seiner Inthronisation, als auch sein Todesdatum nennen, ist bekannt, daß Sethos II sechs Jahre lang regiert hat. Von wenigstens zwei Frauen nimmt man an sie seien seine königlichen Gemahlinnen gewesen. Über die eine namens Tausret wird gemutmaßt, sie habe seinen auserkorenen Nachfolger geboren - ebenfalls Sethos-Merenptah genannt, welcher jedoch vor im starb. Die andere, Tacha'it ist bei einigen Statuen an seiner Seite zu sehen, obgleich diese von Amenmesse übernommen worden zu sein scheinen, den Einige für ihren Sohn halten.